El n. no es simplemente un renacimiento del primigenio pensamiento platónico, sino una transformación de determinados temas y posiciones de la filosofía platónica, aristotélica, estoica y neopitagórica. El pensamiento propio de los neoplatónicos, que dirigió esta recepción de elementos diversos, hizo surgir un sistema nuevo claramente buscado desde el principio.

La rigurosa espiritualización e individualización de la filosofía platónica por obra de Plotino se ve claramente sobre todo en el abandono de lo político, que para el pensamiento de Platón era aún un elemento integrante.

Finalmente, la doctrina de los principios, que se remonta a la enseñanza oral de Platón y a la antigua Academia, viene a ser el esquema — configurado en forma diferenciada — de la dialéctica neoplatónica de la «unidad» y de la «dualidad indeterminada». A estos elementos, que debían su eficacia a la tradición filosófica y fueron también determinantes para Filón de Alejandría, el platonismo medio (Gayo, Albino, Celso) y Numenio, se añadieron como autoridad religiosa el orfismo, los oráculos caldaicos y la mitología en general; el orfismo a veces (p. ej., en Porfirio, Yámblico y Proclo) fue considerado como revelación sagrada e intangible, y se interpretó filosóficamente; la mitología fue reducida, según el método de pensamiento abstractivo y sistematizante, a alegoría o metáfora de un contenido filosófico. Pero sería erróneo el querer construir los pensamientos neoplatónicos fundamentales por la mera adición de estos elementos filosóficos y religiosos, que tienen más bien una función mayéutica para entender la integración neoplatónica de lo histórico y de lo propio en una nueva forma de pensamiento filosófico. Lo que imprimió el rasgo religioso fundamental a esta filosofía no fue tanto la autoridad de las fuentes religiosas cuanto su telos racional, que determina cada pensamiento particular del sistema: la unión con el origen divino. Así se explica que, principalmente desde Porfirio (234-301/305), la filosofía viene a ser camino de salvación espiritual, en el cual no puede entrarse a base de una certeza arracional, sino, únicamente, por el logismós y la diánoia. Pero, indudablemente, ya en Porfirio se perciben dudas frente al método puramente racional, dudas que se intensifican posteriormente y conducen a prácticas teúrgicas y mágicas, las cuales por lo menos ponen en tela de juicio la genuina filosofía, aunque no destruyen su base lógica y metafísica.

Del espíritu brota el alma como tercera hipóstasis (a veces representada negativamente como «caída»), que origina por su parte el mundo sensible y lo mueve bajo la modalidad del tiempo. El alma abarca todo lo animado: las almas del mundo y de los astros, el alma de hombres, animales y plantas. Por razón de lo espiritual que hay en ella, el alma es la sustancia que hace de mediadora entre todo lo sensible y su fundamento inteligible. El espíritu trascendente que opera siempre en el alma humana, aunque inicialmente permanezca inconsciente para nosotros, es también la razón de la posibilidad de que aquélla, pensándose (por la introspección) a sí misma, pueda volver a este su fundamento noético y, trascendiéndose allí a sí misma, trasformarse en él. El acto de trascender está preparado por la abstracción ascética del mundo sensible, se realiza por un conocimiento ampliado constantemente con el Uno mismo. En contraste con el espíritu y el alma, la materia es lo informe e indefinido simplemente y, por ello, para Plotino también el «mal primero», idea que Proclo modificó decididamente distinguiendo la materia del mal y entendiendo a éste último como mera «par-hipóstasis».

El n. posterior a Plotino (entre otros, Porfirio, Yámblico, Siriano, Proclo, Damasquio y Simplicio) diferenció el esquema metafísico esbozado por Plotino desarrollando los ámbitos del espíritu y del alma a base de esencias intermediarias. Así se puso de relieve con más precisión la estructura subordinativa del ente en general y, a la vez, la «separación» del origen. Proclo (410-485) fue el que desarrolló esta idea más consecuentemente. Para realizar la transición del Uno absoluto a los muchos y, en general, de un grado óntico superior al correspondiente grado inferior, él pone las «hénadas» a partir del uno mismo. La primera, todavía sostenida fundamentalmente por la unidad, es la unidad de muchos (entendida por Proclo como dioses o números divinos), la cual hace de mediadora hacia la variedad propiamente dicha. Sigue la pareja de principios el «límite» y lo «ilimitado» (indefinido): ambos constituyen, en acción conjunta, el ser, la vida que le sigue y el espíritu. A pesar de esta subordinación del espíritu, extraña a Plotino, bajo la vida y el ser, la identidad de ser y pensar, si bien en el sentido de una identidad dinámica y relacional, no absoluta, sigue siendo la base para entender la esencia del espíritu. La dimensión del espíritu y del alma, que brota de él, se explica especialmente de manera triádica. La ley lógica y ontológica de esta modalidad triádica es el triple momento (permanencia, salida, retorno), que determina la estructura formal de toda triada particular y une los entes en su totalidad con su único origen primero.

El sistema es, pues, un «círculo de círculos» que se mueve en sí mismo. Cada estadio del ser, que es en sí mismo sin fisuras, se identifica con una divinidad, de forma que, partiendo ya de su base ontológica, la filosofía ha de equipararse con la teología. El «florecer» del espíritu, el «Uno en nosotros», permite al hombre estar siempre unido con el Uno en sí y, por la supresión incluso de la dialéctica negativa (negatio negationis), le hace posible la unio mystica.

El reverso de la actitud anticristiana del n. (después de Celso, particularmente Porfirio y Juliano) es la importante historia de las repercusiones de la filosofía neoplatónica (Porfirio como transmisor de Plotino) en la teología de Orígenes, Gregorio Nacianceno, Basilio, Gregorio Niseno, Máximo el Confesor, Ambrosio, Mario Victorino, Agustín y Boecio. Por la autoridad concedida a los escritos del Pseudo-Dionisio Areopagita, Proclo en particular logró un enorme influjo indirecto en la metafísica y la -> mística de la edad media, y particularmente en Juan Escoto Erigena, el maestro Eckhart, Juan Taulero y Nicolás de Cusa, que lo conocía en gran parte por los textos originales. El Liber de causis (traducido en el siglo xii del árabe al latín por Gerardo de Cremona y desde entonces frecuentemente comentado), que se tuvo inicialmente por aristotélico, pero en su sustancia se remonta a la Elementatio theologica de Proclo, hizo que elementos esenciales de los axiomas ontológicos del n. influyeran en la teología medieval.