La invasión árabe trastornó la organización eclesiástica: unos obispados desaparecieron, otros experimentaron un eclipse más o menos largo. A medida que se retiraba lentamente la ola musulmana, volvía a florecer la Iglesia católica. Así surgieron los obispados de Pamplona (v.), Nájera, Aragón-Jaca-Huesca (v.), Zaragoza (v.) y Barbastro (v.). Gelasio II reconstituyó la provincia eclesiástica de Tarragona (1118) y Anastasio IV señaló sus diócesis sufragáneas (1154). Juan XXII la subdividió, elevando a metrópoli la sede de Zaragoza (1318).
     
      Pero en un principio el obispo representaba poco. El sistema de iglesias propias, de monasteriolos y monasterios oscurecía la imagen jerárquica de la diócesis. Antes de 1071, la división territorial eclesiástica del reino de Aragón era de tipo monástico. En Navarra la diócesis de Pamplona también presentaba un tinte monacal. En uno y otro territorio los grandes monasterios de Leyre (v.), Irache, S. Juan de la Peña (v.) y Montearagón constituían los polos de máxima atracción religiosa.
     
      A mediados del s. xi entran en juego dos fuerzas nuevas que sacan a la Iglesia navarro-aragonesa de su aislamiento: el Papado y los cluniacenses, artífices de la reforma gregoriana (V. INVESTIDURAS, CUESTIÓN DE LAS). Con ella Roma impone su liturgia y su disciplina y se unifica la vida monástica; también la figura del obispo cobra nuevo relieve. Es la hora del clero secular, que a menudo se agrupa bajo la regla de S. Agustín. La expresión de su fuerza se halla en las grandes catedrales románicas (Jaca, Pamplona, Tudela, Tarazona, Huesca y Zaragoza), en los grandes hospitales (Roncesvalles, S. Cristina de Somport y S. Miguel de Pamplona), en los santuarios (S. Miguel de Excelsis) y en los conventos-fortalezas (Montearagón). En los s. xii y xiii penetran nuevas oleadas monásticas que cambian la fisonomía de las ciudades y de las villas: hospitalarios, templarios, cistercienses (v.), premonstratenses (v.), dominicos (v.), franciscanos (v.), agustinos (v.), carmelitas (v.), mercedarios (v.) y trinitarios (v.).
     
      En el s. xii la atención de los obispos se centra en estabilizar los límites de sus diócesis y abatir la prepotencia de algunos grandes monasterios: Leyre, S. Juan de la Peña y Montearagón, lo que motiva pleitos interminables. Mientras Navarra fracasa en su intento de organizar una universidad en Tudela, surgen en Aragón las de Lérida (1300), Huesca (1354) y Zaragoza (1474). Las bibliotecas más ricas se hallaban en los monasterios (Leyre, Fitero, Piedra, S. Juan de la Peña), o en las catedrales (Pamplona, Tarazona, Zaragoza). Los cabildos fueron los grandes propulsores de la cultura.
     
      En el llamado cisma de Occidente, Navarra y Aragón se declararon en un principio indiferentes, lo que les permitía regular a su antojo los asuntos eclesiásticos. Después reconocieron a Clemente VII. La promoción de Pedro de Luna (Benedicto XIII) fue recibida en Aragón como un triunfo nacional, pero después ambos reinos le abandonaron y se unieron al Conc. de Constanza, donde su política fue divergente: Navarra se puso del lado de Castilla y Aragón se alió con Portugal. En 1194 Alfonso II de Aragón publicó un edicto contra los cátaros (v.) condenándoles al destierro. Pedro II añadió la pena de fuego (1197). Contra ellos se introdujo la Inquisición (v.) en Aragón (1232) y Navarra (1238). Suprimidos los templarios, sus bienes pasaron en Navarra a los hospitalarios y en Aragón a la nueva Orden de Montesa. Teobaldo 1, Teobaldo 11 y Jaime I tomaron parte en las cruzadas orientales. Jaime II asistió personalmente al II Conc. de Lyon (v.). La iglesia navarro-aragonesa produjo escritores notables, como Rodrigo Jiménez de Rada (v.), arzobispo de Toledo, y numerosos santos, p. ej., las santas Nunila y Alodia, mártires.