Frente a tales ontologías, que en un momento determinado parecían invadir todo el campo de la filosofía, hubo una fuerte reacción crítica no sólo desde corrientes distintas, cosa comprensible, sino en el ámbito fenomenológico mismo. Baste recordar que dos discípulos directos de M. Heidegger, tan distintos como E. Lévinas y X. Zubiri, afirman, el primero en Totalité et Infini, en 1961, que «la ontología supone la metafísica»; y el segundo, en Sobre la esencia, de 1962, que «el ser es un acto ulterior de la realidad». Más aún, desde su experiencia judía, Lévinas denuncia: «La filosofía occidental ha sido muy a menudo una ontología: una reducción de lo Otro al Mismo, por mediación de un término medio y neutro que asegura la existencia del ser». Ambos relegan la cuestión del ser a un segundo plano, dando primacía a los entes concretos o a lo real. Cabe entonces preguntarse: ¿es lo mismo ontología que /metafísica? Este interrogante y las discusiones que ha desatado, han dejado profunda huella en la más reciente filosofía latino-americana.

Al igual que en Europa, en la renaciente filosofía latinoamericana se inicia el siglo con un giro positivo hacia la metafísica, en parte como reacción al largo ayuno de la cuaresma positivista, en la que esta primera generación había sido educada. Sostienen sus representantes la necesidad de reemplazar la finiquitada paleometafísica por otra nueva, que tendría por objeto, según José Ingenieros, «formular hipótesis inexperienciales» para ampliar el campo de la posible experiencia. Para Carlos Vaz Ferreira es indispensable «una metafísica noble, para ser un verdadero positivista en ciencia». Por su parte, Alejandro Korn sostiene que «la humanidad padece de hambre metafísica»; pero sólo puede ser satisfecha por «un conocimiento inteligible sin contenido empírico». Son claras en estos y otros pensadores las huellas de Kant y Bergson. Con ellos nace en América Latina la filosofía comtemporánea y, por lo mismo, se los reconoce como Generación de los Fundadores.

Enrique Dussel, bajo el impacto que le produjo la lectura de Totalidad e Infinito de E. Lévinas, plantea en términos de absoluta incompatibilidad ontología/metafísica. Y así escribe en /Filosofía de la liberación (1977): «Contra la ontología clásica del centro, desde Hegel hasta Marcuse, por nombrar lo más lúcido de Europa, se levanta una filosofía de la liberación de la periferia, de los oprimidos, la sombra que la luz del ser no ha podido iluminar [...]. La filosofía de la liberación pretende así formular una metafísica –que no es ontología– exigida por la praxis revolucionaria [...]. Para ello es necesario destituir al ser de su pretendida fundamentalidad eterna y divina [...], y mostrar a la ontología como la ideología de las ideologías». La metafísica, en sentido dusseliano, es un acontecimiento ético: la apertura o pasaje al Otro, su reconocimiento teórico-práctico como negatividad positiva, como exterioridad alterativa, como posibilidad emergente o sujeto histórico de liberación frente a la Totalidad, a lo Mismo, al sistema opresor vigente, que las ideologías del Centro justifican. La Ontología de la Europa moderna es la ideología de las ideologías. En cambio, la Metafísica se constituye en el logos y ethos de una praxis de liberación, con carácter de prima philosophia.