Las opciones institucionales de la Iglesia en su relación con los Estados tienen como punto de referencia la Santa Sede o Sede Apostólica. En efecto, en relación con toda la larga evolución —en la cual los Estados Pontificios tuvieron un papel decisivo— hacia una realidad de la Iglesia como «sociedad perfecta o completa» (>Sociedad y Sociedad perfecta) o, en una formulación jurídica más actualizada, como «ordenamiento jurídico primario», se debe situar su reconocimiento internacional en el cual la Santa Sede es el órgano supremo de la Iglesia católica romana, con su correlato que es el Estado de la Ciudad del Vaticano, según rezan los Pactos Lateranenses estipulados en 1929, aunque la realidad concreta de la Santa Sede como sujeto internacional comienza mucho antes, prácticamente con la reforma gregoriana. En esta fórmula concreta e histórica que la Iglesia se ha dado progresivamente sobresale fuertemente su aspecto de sociedad completa, pública y jurídica, en analogía con los Estados con los cuales trata. En noviembre de 2000 el Papa promulgó la Legge Fondamentale dello Stato della Cittá del Vaticano, cuyos 20 artículos describen sus principales órganos, complementados con tres apéndices que presentan la bandera y los escudos oficiales.

Las dos realizaciones más importantes en su relación con los Estados, ya que tienen influencia decisiva en las Iglesias locales, concretan cómo son los concordatos o los acuerdos parciales y las nunciaturas apostólicas. Sobre los primeros el concilio Vaticano II habla con extrema delicadeza al reconocer la legitimidad de tratar con particular atención una comunidad religiosa cuando lo exigen determinadas condiciones objetivas: «Si, consideradas las circunstancias peculiares de los pueblos, en el ordenamiento jurídico de una sociedad se atribuye a una comunidad religiosa un especial reconocimiento civil»; contemporáneamente se afirma que «es necesario que se reconozca y respete el derecho a la libertad en materia religiosa» (DH 6). La realización de un concordato o de acuerdos parciales no pertenece simplemente al derecho interno de las partes —el Estado y la Iglesia nacional—, sino que pertenece al orden de derecho internacional, por esto lo suscribe la Santa Sede, que es a quien se reconoce personalidad originaria de derecho internacional y supranacional.

Otra forma de institucionalización de las relaciones con los Estados y las organizaciones internacionales es la que se concreta en las nunciaturas apostólicas y en los representantes y legados del papa y la Santa Sede, sobre la cual el concilio Vaticano II había pedido que «la función de los legados del Romano Pontífice se determine de forma más clara» (CD 9). El motu proprio posconciliar de 1969 renovó la normativa y la justificación de las Nunciaturas, la cual ha sido recogida posteriormente por el articulado del nuevo CIC 362-367. Este documento tiene como título Sollicitudo omnium Ecclesiarum, una fórmula eclesiológica clásica sobre el servicio a la Iglesia universal referido al Papa, el cual de forma totalmente novedosa es calificado además con la imagen de «legado universal de Cristo» (pro Christi legatione fungimur). Estas dos fórmulas, unidas a la calificación de la Iglesia como «sociedad perfecta» (n 3) —expresión que ya nose encuentra en el Vaticano II—, no dejan de suscitar ciertos interrogantes.

Por lo que se refiere a las actividades, se distinguen dos misiones: la relativa a las relaciones con los Estados, especialmente para el cumplimiento de los acuerdos mutuos donde los hubiere, y la relativa a la vida interna de la Iglesia del país con intercambio de informaciones: sobre las comunidades eclesiales y las directivas de los dicasterios de la Santa Sede; sobre el nombramiento de obispos; sobre erección, desmembramiento o supresión de diócesis; sobre la relación con las conferencias episcopales y religiosas... Sin duda que especialmente esta segunda misión sorprende, puesto que se trata de cuestiones más bien propias de las Iglesias locales y de sus obispos con las conferencias episcopales. Aunque es verdad que en diversos países, sobre todo en situaciones críticas y en el tercer mundo, las nunciaturas han sido un importante baluarte para la defensa de la «libertas Ecclesiae», su figura tal como aparece en la normativa canónica puede distorsionar la imagen de los obispos locales que a la cabeza de sus Iglesias diocesanas son los que aseguran la «comunión jerárquica» (LG 22.23) de las Iglesias que tienen confiadas con el papa. Más aún, el revestimiento habitualmente episcopal que comparten estos nuncios o delegados —aunque el nuevo CIC prevé también su realización por parte de laicos— no aparece como el ministerio sacramental por excelencia de guía de la propia Iglesia local.