El congregacionalismo es una forma de institución eclesial que se caracteriza por la independencia y autonomía de cada Iglesia local. Se rige por un gobierno marcadamente democrático, reflejando de este modo la verdad de que Cristo sólo es la cabeza de la Iglesia. Este >sistema de gobierno es compartido, entre otros, por los baptistas y algunos pentecostalistas.

Pero hay también Iglesias congregacionalistas cuyas raíces están en el énfasis de la Reforma sobre el sacerdocio de los fieles, y en Inglaterra entre los puritanos desesperados de la reforma de la Iglesia bajo la clase dirigente episcopal o presbiteriana. Los folletos de R. E. Brown en 1582 establecieron los fundamentos del congregacionalismo (de ahí el antiguo nombre de «brownistas»). El congregacionalismo se extendió por Inglaterra en el siglo XVII, siendo perseguido. Un buen número de sus miembros se embarcó hacia el Nuevo Mundo, donde desempeñaron un papel importante en la configuración de la religión y la política. Las Iglesias congregacionalistas se unieron en Inglaterra en 1832 en la Unión Congregacionalista de Inglaterra y Gales, organismo consultor sin poder legislativo, que se convirtió en 1966 en la Iglesia congregacionalista de Inglaterra y Gales. La unión con la Iglesia presbiteriana de Inglaterra condujo a la creación de la Iglesia reformada unida (1972). El Consejo Congregacionalista Internacional se reunió por primera vez en Londres en 1891, y se unió con la Alianza Presbiteriana Mundial en 1970 para formar la Alianza Mundial de Iglesias Reformadas.

La eclesiología de los congregacionalistas tiende a ser al mismo tiempo bíblica y calvinista. Los que son santos, y dan pruebas de ello en la práctica, pertenecen a Cristo. La Iglesia es el pueblo de Dios unido por medio de una alianza, en el que normalmente se entra a través del bautismo. Es una comunidad de adoración, cuyas oraciones son inseparables del servicio profético y diaconal; es un signo del amor de Dios a toda la creación y de su proyecto de liberación para todos.

Mantienen diálogos ecuménicos a nivel internacional con varias Iglesias: con los anglicanos (>Comunión anglicana) desde 1981; con los >baptistas desde 1974; con los >Discípulos de Cristo desde 1987; con los luteranos (> Iglesias luteranas) desde 1985; con los metodistas (>Metodismo) desde 1985, y con los ortodoxos (>Iglesia ortodoxa) desde 1988.

La primera ronda de conversaciones con la Iglesia católica romana se inició con un estudio de «La presencia de Cristo en la Iglesia y en el mundo» (1977)>. Una segunda fase se dedicó al tema «Hacia una comprensión común de la Iglesia».

El congregacionalismo aporta bastantes dones al ecumenismo: insiste en que el señorío de Jesús es superior a todo orden eclesiástico; la pertenencia a la Iglesia se vive en el ámbito local y uno no puede ser un auténtico cristiano sin formar parte de una Iglesia; dado que todos los cristianos son miembros de la Iglesia católica, hay que evitar cualquier tipo de sectarismo.